Os protestos de manifestantes pró-Palestina voltaram a condicionar a Vuelta 2025. Numa Etapa 16 em que se esperava que pudessem acontecer ataques entre os primeiros da classificação geral na parte final, os organizadores viram-se forçados a encurtar a tirada, colocando a meta 8 Km antes do que estava previsto, e assim não houve espaço para mexidas entre Jonas Vingegaard e João Almeida, que chegaram lado a lado.

O encurtar da etapa também mexeu com o que se passou na fuga da frente, de onde saíram os vencedores da tirada, dado que ao contrário do que aconteceu na Etapa 11, com chegada prevista para Bilbau, desta feita a organização optou por antecipar a chegada e declarar vencedor quem passasse na frente a 8 Km da chegada inicialmente prevista.

Egan Bernal e Mikel Landa, que integravam a 'fuga do dia', deixaram para trás os restantes colegas de fuga na penúltima subida e ganharam cerca de um minuto de avanço que, face ao encurtar da tirada, chegou e sobrou para chegarem isolados à 'nova meta' improvisada, onde Bernal a passou na frente de Landa.