No emblema axadrezado, disputou 16 partidas na época 1999/2000, ano em que o Boavista esteve na Liga dos Campeões com Jaime Pacheco. Nilton foi opção do técnico boavisteiro em três dos seis jogos da fase de grupos.
Os encarnados somaram o quinto triunfo seguido na prova e mantém a perseguição ao Sporting, líder com mais um ponto que os campeões nacionais (46 contra 45).
Os campeões nacionais entram na segunda volta a vencer, somando agora 45 pontos, menos um que o líder Sporting. O Boavista mantém os 20 pontos com que entrou para esta ronda.
Treinador do Boavista tem tentado abstrair-se do mercado de transferências de inverno da SAD axadrezada, que está impedida pela FIFA de registar novos futebolistas.
Pedro Malheiro já tinha estado ausente dos relvados durante mais de dois meses, entre setembro e novembro de 2023, com uma lesão muscular na coxa esquerda.
A falta de eficácia e incapacidade de desequilíbrio do FC Porto ditou um empate no jogo com o Boavista, atrasando (ainda mais) os dragões na corrida pelo título, no encontro da 16.ª jornada com o Boavista.
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